Um die grotesken Monster namens Kaiju in Japan zu bekämpfen, riskiert eine Eliteeinheit des Militärs täglich ihr Leben. Sobald eine Kreatur besiegt ist, übernehmen die Tatortreiniger und beseitigen sämtliche Überreste von den Straßen.

Kafka und seine Kindheitsfreundin Mina hatten sich einst geschworen, beide dieser Eliteeinheit beizutreten. Während Mina inzwischen ein Star des Verteidigungskorps ist, fristet Kafka sein Dasein als Tatortreiniger und ist bereits mehrmals bei der Aufnahmeprüfung für die Eliteeinheit gescheitert. Bis zu dem schicksalhaften Tag, an dem er auf ein parasitäres Kaiju trifft und eine Reihe unglücklicher Ereignisse auslöst …