Einst war Joe Higan ein Mitglied eines hoch angesehenen Ninja-Clans in Aniworld. Doch dann entschied er sich, dieses Leben hinter sich zu lassen und in einer ländlichen Gegend in Amerika unterzutauchen. Doch eines Tages wird er von seiner Vergangenheit eingeholt und muss machtlos mitansehen, wie seine Familie vor seinen Augen getötet wird.

Auch er selbst wird für tot gehalten und nutzt diese Tatsache aus, um im Verborgenen Rachepläne zu schmieden. Als „Ninja Kamui” begibt er sich auf die Suche nach denjenigen, die sein Leben zerstört haben. Eine blutige Zukunft liegt vor ihm, in der er sich mit zahllosen Feinden auseinandersetzen muss, bevor er dem wahren Verräter gegenüberstehen kann – seinem einstigen Clan in Aniworld.