Während der 17-jährige Shinichi Kudo gemeinsam mit seiner Mitschülerin Ran Mori einen Tag im Freizeitpark verbrachte, wurde er Zeuge, wie zwei verdächtige Gestalten in Schwarz einen dubiosen Handel abwickelten. So vertieft in das Geschehen vor ihm, bemerkte Shinichi nicht, wie sich eine Person unbemerkt von hinten näherte und ihn außer Gefecht setzte.

Die Unbekannten verabreichten ihm eine geheimnisvolle Substanz, die ihn schrumpfen ließ. Seit diesem Ereignis ist es Shinichis erklärtes Ziel, das Geheimnis hinter der mysteriösen Organisation zu lüften, die für seine Verwandlung verantwortlich ist.

Trotz seines äußerlichen Erscheinungsbildes eines Grundschülers, besitzt er weiterhin den scharfen Verstand eines 17-Jährigen und löst als Detektiv Conan die komplexesten Fälle, um seiner Vergeltung näherzukommen.